Измените пределы y (особенно минимальные) с помощью Vlnplot

Question

Я хотел бы нарисовать скрипку aws из моих данных из одной ячейки.

Я использую эту функцию: Vlnplot (объект, функции, столбцы = NULL, pt.size = 0,1)

Но я бы хотел изменить ось y с 3000-10000 вместо 0 на 70000.

Они предлагают изменить только y max, но не среднее значение

Есть ли у кого-то идея как это сделать?

Answer 1

Функция VlnPlot в пакете Seurat R использует ggplot2 для рисования сюжета для скрипки. Это означает, что мы можем изменить ось Y, используя scale_y_continuous.

. В вашем случае, чтобы изменить ось Y вашей скрипки на 3000-10000, мы бы написали:

VlnPlot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1) + scale_y_continuous(limits = c(3000,10000))

Чтобы показать вам воспроизводимый пример, мы можем нарисовать скрипичный сюжет, используя набор данных pbmc_small из пакета Seurat:

VlnPlot(pbmc_small, "CD3E")

сюжет скрипки по умолчанию

График выше имеет ось по умолчанию от 0 до 6,3. Вот как выглядит тот же график после изменения оси y с помощью scale_y_continuous, в котором я увеличиваю масштаб от 0 до 3:

VlnPlot(pbmc_small, "CD3E") + scale_y_continuous(limits = c(0,3))

график скрипки после изменения оси

Многие другие визуализации в пакете Seurat также используют ggplot2, поэтому вы можете вносить в них все типы космеци c, используя различные команды ggplot2 (темы, метки осей, цвета и т. Д. c). .)