змейка не может проверить версию conda - PullRequest
Новая
       26

змейка не может проверить версию conda

0 голосов
/ 27 марта 2020

Я хочу запустить snakemake с --use-conda. Раньше я использовал snakemake 5.3.0, и это работало нормально, но тогда я не мог использовать новейшие оболочки на github. Теперь я попробовал snakemake 5.12.3 и получаю следующую ошибку: 

CreateCondaEnvironmentException:
Unable to check conda version:

В коде здесь: https://snakemake.readthedocs.io/en/v5.5.4/_modules/snakemake/conda.html Я вижу, что ошибка происходит из этой части: 

   try:
        version = shell.check_output(self._get_cmd("conda --version"),
                                          stderr=subprocess.STDOUT).decode() \
                                                                   .split()[1]
        if StrictVersion(version) < StrictVersion("4.2"):
            raise CreateCondaEnvironmentException(
                "Conda must be version 4.2 or later."
            )
    except subprocess.CalledProcessError as e:
        raise CreateCondaEnvironmentException(
            "Unable to check conda version:\n" + e.output.decode()
        )

Но если я сделаю conda --version, он будет работать нормально и выдаст conda 4.8.3. Поэтому я не понимаю, в чем проблема. Любые предложения очень ценятся.

...