snakemake: окружения conda не активированы в кластере SGE - PullRequest
Новая
       42

snakemake: окружения conda не активированы в кластере SGE

0 голосов
/ 20 ноября 2018

Я запускаю snakemake в кластере SGE, и у меня возникают проблемы с отправкой заданий, связанных с активацией среды conda.Задания начинаются, и я получаю сообщение «Активация среды conda».Но затем они продолжают работать вечно, ничего не делая и без сообщений об ошибках.

Конверты корректно активируются на узлах входа в систему, поэтому я думаю, что проблема с qsub.Я попытался использовать опцию -V, как предложено здесь Использование среды Conda в SnakeMake на кластерной проблеме SGE , но, похоже, она не работает для меня.

Это то, что я использую для отправки:

snakemake -j 2 --use-conda --cluster-config cluster.json --cluster "{cluster.qsub} -l virtual_free={cluster.ram},h_rt={cluster.time},disk={cluster.disk} -q {cluster.queue}" --keep-going --latency-wait 100

И эти конфигурации в моем файле cluster.json: 

{
  "__default__" :
  {
  "qsub" : "qsub -cwd -V -o logs/{rule}.{wildcards}.$$.out -e logs/{rule}.{wildcards}.$$.out",
  "ram" : "4G",
  "time" : "01:00:00",
  "disk" : "2G",
  "queue" : "short-sl7"
  }
}

Дело в том, что отправленные задания работают нормально, когда не требуется активация среды.

У кого-нибудь есть предложения?

...