Я ищу некоторую основную информацию об использовании Snakemake обработки моего R-конвейера.Насколько я понимаю, два наиболее распространенных способа сделать это - использовать флаг script и передать скрипт R, или использовать shell, передав Rscript.Если я хочу использовать любой из этих методов, как должен выглядеть мой скрипт R?Как сценарий R знает, что нужно искать, и либо вызывает load объекта RData, либо read.table, чтобы прочитать файл CSV, если имя указано для input.
Другой вопрос касается отправки кластера / многопоточности.Snakemake предположительно отправит задачу на несколько узлов и будет использовать несколько ядер автоматически, без изменения кода.Поэтому было бы лучше иметь одно правило, использующее cluster и / или cores, которое вызывает скрипт R для выполнения всего конвейера ИЛИ разбить конвейер на несколько правил / шагов и использовать cluster и / или cores по этому правилу?
Последний вопрос: что если мой код R использует пакеты параллельной / многопоточности, такие как mclapply, внутри самого кода?Как это влияет на Snakemake и его параметры?
Не удалось найти ответы на эти вопросы в Интернете, поэтому любая информация будет оценена.