Отказ от ответственности: я не знаю Ruby / Rails, поэтому я не знаю, что такое замороженные гемы (хотя я предполагаю, что это скомпилированные двоичные файлы или токенизированный источник), но я хорошо знаю Subversion.
.svn каталоги содержат только Subversion "бухгалтерия". Там нет ничего, что невозможно было бы восстановить.
Удаление ваших файлов .svn совсем не проблема. Если каталоги с отсутствующими каталогами .svn находятся где-то внутри дерева каталогов в вашей рабочей копии Subversion (каталог, в который вы извлекли), просто удалите эти каталоги, выполните обновление svn, и они будут воссозданы.
Если во всем дереве отсутствуют файлы .svn, удалите все дерево и снова выполните проверку svn.
svn: externals похожа на "символическую ссылку". У вас есть Проект A и Проект B, который использует Проект A. Что вы делаете, это добавляете свойство svn: external, которое ссылается на каталог библиотеки проекта A, поэтому, когда вы извлекаете проект B, он автоматически помещает каталог библиотеки из проекта A в этом. Например, у меня часто есть каталог под названием "thirdparty", в котором хранятся внешние ссылки на библиотеки из других мест, включая evn: внешние ссылки на другие проекты в subversion.
Один из советов по решению проблем с версиями, подобных этой, состоит в том, чтобы иметь отдельные каталоги релизов для библиотек (или замороженных гемов), а в ваших проектах, которые в них нуждаются, используйте ссылку svn: external на соответствующий каталог релизов. По мере появления новых выпусков просто измените свойство svn: external так, чтобы оно указывало на новый каталог выпусков и svn update.