Использовать локальный каталог для оболочки в правиле Snakemake

Question

Я хочу знать, как использовать локальный каталог для оболочки в правиле Snakemake.

Я прочитал это Использовать Github URL для оболочки в правиле Snakemake и попробуйте выполнить команду

rule index:
    wrapper:
        "/public/home/bio/index"

Но я получаю stderr с 'NoneType' object has no attribute 'name'.

Любая помощь очень ценится. Спасибо.

Answer 1

Он (слегка скрыт) упоминается в документах .

Для абсолютного пути:

rule index:
    wrapper:
        "file://public/home/bio/index"

Или для относительного пути:

rule index:
    wrapper:
        "file:public/home/bio/index"