Ваше правило перезаписи удаляет важный ?
символ строки запроса, создавая недопустимый запрос, такой как /Leaflet/ms&service=WMS&...
, но он должен выглядеть как /Leaflet/ms?service=WMS...
Попробуйте правило, такое как:
RewriteRule ^ms?(.*)$ http://localhost/cgi-bin/mapserv.exe?map=C:/ms4w/apps/Leaflet/mapserver/Leaflet.map$1