Я анализирую продольные гормональные данные, используя lme (время, введенное как категориальный ковариат), и буду sh проверять различия между исследовательскими группами (контрольная группа и две экспериментальные группы), а также визуализировать разницу, используя emmeans. Меня нисколько не интересует сравнение между последовательными временными точками внутри или между группами. Поэтому я бы хотел sh изменить контрасты, чтобы поправка для множественных сравнений учитывала только те сравнения, на которые я вообще смотрю. Однако даже после ознакомления с виньеткой emmeans и этим очень хорошим учебником @ aosmith16 я, похоже, не понимаю, как это сделать.
Воспроизводимый пример, который действительно производит сравнения между группами, но, вероятно, сверхадъюстирует р-значения. Конечно, это только минимальная проблема, и я не против быть консервативным в этом отношении.
ortho <- nlme::Orthodont
ortho <-ortho %>%
mutate(Sex = as.character(Sex)) %>%
mutate(Sex = replace(Sex, Subject %in%
c("M10", "M11", "M12", "M13", "M14", "M15", "M16", "F01", "F02"),
"Other"))
fit <- lme(fixed = distance ~ factor(age) * Sex,
random = ~ 1 | Subject, data = ortho)
fit %>%
emmeans(trt.vs.ctrl ~ factor(age) * Sex)