Вы можете использовать left_join()
из пакета dplyr (присоединитесь к phenology1 только с колонками LEVEL, SPECIES и .group из группировки):
library(dplyr)
phenology1 %>%
left_join(grouping %>% select(LEVEL, SPECIES, .group))
Это автоматически выбирает одинаковые имена столбцов в обоих фреймах данных для объединения на. Если вы хотите установить их явно, вы можете добавить by = c("LEVEL" = "LEVEL", "SPECIES" = "SPECIES")
.