Чтение файла FASTA

Question

Я хочу преобразовать следующую строку файла в JSON, я хочу сохранить ее в схеме mon goose.

>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1
GAA…..GAATG

Должно быть:

{“>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1”: “GAA…..GAATG”}

Я пробовал несколько вариантов, один пример ниже, но безуспешно, есть ли какие-либо предложения?

const parser = require("csv-parse/lib/sync");//import parser
const fs = require("fs");//import file reader
const path = require("path");//for join paths


const sourceData = fs.readFileSync(path.join(__dirname, "Reads.txt"), "utf8");//read the file, locally stored

console.log(sourceData);//print out for checking
const documents = parser(sourceData);//parsing, it works for other situations I have tested, in a column like data

console.log(documents);//printing out

Этот код выводит меня следующим образом:

[ [ '>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1' ],
  [ 'GAATGGAATGAAATGGATAGGAATGGAATGGAATGGAATGGATTGGAATGGATTAGAATGGATTGGAATGGAATGAAATTAATTTGATTGGAATGGAATG' ],...

Аналогичный вопрос: чтение файла fasta python

Answer 1

Поскольку вы используете конфигурацию парсера по умолчанию, он просто выводит массивы массивов в этой конфигурации. Если вы хотите получать объекты, вам нужно сначала дать парсеру несколько опций (столбцов). Взгляните на do c.

. При использовании режима синтаксического анализа syn c (как вы используете) вы можете предоставить такие параметры:

const documents = parse(sourceData, {columns: true})

columns:true выведет имена столбцов из первой строки входного CSV.