Вы должны рассмотреть следующее
from os.path import basename, splitext
[[i for k in barcodes if k==splitext(basename(j))[0]] for i,j in enumerate(directories)]
[[0], [1], [2]]
или можете использовать регулярное выражение:
import re
[[i for k in barcodes if re.sub('.*/(\w+).*','\\1',j)==k] for i,j in enumerate(directories)]
[[0], [1], [2]]
[[i for k in barcodes if re.sub('.*/|\\..*','',j)==k] for i,j in enumerate(directories)]
[[0], [1], [2]]