Я столкнулся с некоторыми проблемами, и мне было интересно, не могли бы вы помочь мне.
У меня есть два data.frames, один для данных о видах и другой для данных о качестве воды. Я преобразовал свой набор данных о качестве воды в u-показатели, так как присутствует «цензура». Однако из-за неправильного отбора проб я выбираю / запускаю каждую переменную качества воды отдельно, когда фактически запускаю тесты Mantel.
Я могу вычислить свои матрицы расстояний для обоих data.frames (т. Е. Записать Bray-Curtis для видов и евклидово расстояние для переменной качества воды), затем выполнить тест Мантеля, используя:
Distance.ln.bray.curtis <- vegdist(log1p(species_abundance))
Distance.euclidean = dist(explanatory_variable, method = "euclidean")
mantel.rtest(Distance.ln.bray.curtis, Distance.euclidean, nrepet = 9999)
Но потом я понял ... Я должен переставить наблюдения внутри каждого сайта (у меня 28 сайтов), как это рекомендуется в моей статистической книге. Вот где я застрял, так как я не нашел ресурсов, которые были бы полезны для выполнения "в перестановках" в R.
Я видел, что пакет "cultevo" может выполнить один или более Тесты перестановки каминных досок, и это то, что мне нужно сделать. Но я не совсем уверен, как это сделать. Придется ли мне повторно вставлять # сайтов в матрицах расстояний? Если бы кто-то мог привести примеры, это было бы очень признательно!