Как использовать функцию «как» для несбалансированного повторного дизайна - PullRequest
Новая
       19

Как использовать функцию «как» для несбалансированного повторного дизайна

0 голосов
/ 14 февраля 2020

У меня есть набор контрольных и обработанных участков, которые были отобраны в течение многих лет. Я запускаю функцию pr c в пакете vegan и хочу выполнить тест перестановки, чтобы проверить, существенно ли отличаются контрольные и обработанные графики в течение многих лет. Поскольку мои данные не сбалансированы, я не могу использовать функцию strata . мой код выглядит так: 

library(vegan)
year=as.factor(c(rep(1995,8),rep(1999,8),rep(2001,8),rep(2013,4),rep(1995,4),
       rep(1999,4),rep(2001,4),rep(2013,4)))
treatment=as.factor(c(rep("control",28),rep("treated",16)))

Я написал это, но я уверен, что это неправильно, потому что здесь отсутствует обработка: 

h1 <- how(within = Within(type = "series", mirror = F),
          blocks = year, nperm = 999
)

Любые предложения приветствуются .

1 Ответ

0 голосов
/ 16 февраля 2020

В соответствии с нулевой гипотезой образцы из групп control или treated являются взаимозаменяемыми, и, следовательно, вы не хотите, чтобы они использовались в схеме перестановок; Вы действительно хотите переставить их, чтобы сгенерировать нулевое распределение на основе перестановок для теста statisti c.

Конструкция перестановки предназначена для указания того, что не заменяемое.

Вы не объяснили, почему вы хотите, чтобы сэмплы внутри блоков переставлялись последовательно; почему образцы в течение нескольких лет также временные ряды? Если это не так, вам это не нужно.

Вам нужно беспокоиться только о дисбалансе, если вы хотите переставить strata. Хотя использование blocks в некоторых отношениях похоже на strata, blocks являются никогда перестановочными, поэтому, если вы можете использовать blocks, вы можете использовать strata, поскольку вы не будете их переставлять.

Если вы хотите переставить years в виде групп сэмплов, вам понадобится strata и вам потребуется баланс на уровне year, которого у вас нет.

То, что вы определили в своем звонке на how(), это:

  • группирует сэмплы по year и в качестве таких сэмплов никогда не будет заменен между лет и
  • выборок в пределах уровней year будут последовательно переставляться, сохраняя их временной порядок без изменений после применения циклических c перестановок перестановок.

Если это не то, что вы хотите сделать, вам нужно объяснить словами, что вы хотите сделать. Под «делаю» я имею в виду, что вы хотите проверить? Какая у тебя модель в вегане ?

...