У меня есть дерево филогенетических c для нескольких тесно связанных последовательностей в R.
Когда я повторно root дерево, порядок меток наконечника в структуре дерева не изменяется на соответствовать сюжету (см. рисунок ниже). Я могу исправить это, записав второй файл newick и прочитав обратно, но мне интересно, есть ли более простой способ перечислить tip.labels в том же порядке, в котором они появляются на графике для любой укоренившейся филогении?
Спасибо, -J
Если у вас есть / установить фитоинструмент, вы можете заново создать сценарий с помощью этого кода:
library(phytools)
xxx <- "(A:0.01497,(B:0.30555,C:0.53867)0.921:0.00015,((D:0.07837,(E:0.20410,(F:0.48971,(G:0.04576,H:0.01475)0.556:0.00190)0.829:0.04261)0.256:0.00014)0.430:0.00014,X:0.00014)0.566:0.00015);"
ttt<-read.newick(text = xxx); print(ttt$tip.label); plot(ttt)
tree<-root(ttt, outgroup = 'H', r=TRUE); print(tree$tip.label); plot(tree) # as in picture