ошибка в add_p () 'для переменной X и теста' fisher.test ', значение p опущено - PullRequest
Новая
       70

ошибка в add_p () 'для переменной X и теста' fisher.test ', значение p опущено

0 голосов
/ 22 апреля 2020

Я получаю ошибку ниже, когда пытаюсь использовать функцию add_p (), чтобы получить p-значение для различий между моей переменной (с 10 уровнями) и категориальной переменной с двумя уровнями (да / нет). Я не уверен, как привести воспроизводимый пример. Исходя из данных испытаний, я полагаю, что моя переменная на будет переменной «T Stage» с 10 уровнями, а категориальными переменными будут: (1) «Химиотерапевтическое лечение» с 2 уровнями и (2) «Химиотерапия2» с 4 уровнями. Но вот код, который я запустил. 

library(gtsummary)
library(tidyverse)
miro_def %>% 
  select(mheim, age_dx, time_t1d_yrs, gender, collard, fhist_pandz) %>% 
  tbl_summary(by = mheim, missing = "no",
              type = list(c(gender, collard, fhist_pandz, mheim) ~ "categorical"),
              label = list(gender ~ "Gender", 
                           fhist_pandz ~ "Family history of PD", 
                           age_dx ~ "Age at diagnosis", 
                           time_t1d_yrs ~ "Follow-up(years)")) %>% 
  add_p() %>% 
  # style the output with custom header 
  #modify_header(stat_by = "{level}") %>% 
  # convert to kableExtra as_kable_extra(booktabs = TRUE) %>% 
  # reduce font size to make table fit. # you may also use the `latex_options = "scale_down"` argument here. 
  kable_styling(font_size = 7, latex_options = "scale_down")

Однако я получаю p-значение для этого переменной (10 уровней) с другими переменными (которые являются непрерывными / числительными c)

  1. Как я могу исправить эту ошибку?

  2. В случае, когда у меня есть упомянутая многоуровневая переменная и многоуровневая (> 2 уровня) категориальная переменная, есть ли что-то особенное, что я должен сделать, чтобы получить значение p?

    В 'add_p ()' произошла ошибка для переменной 'пол' и теста 'fisher.test', значение p пропущено: Ошибка в stats :: fisher.test (data [[variable]], as.factor (data [[by]])): FEXACT error 7 (location). LDSTP = 18540 слишком мало для этой проблемы (pastp = 51.2364, ipn_0: = ipoin [itp = 150] = 215, stp [ipn_0] = 40.6787). Увеличьте рабочее пространство или рассмотрите возможность использования 'simulate.p.value = TRUE' В 'add_p ()' произошла ошибка для переменной 'collard' и теста 'fisher.test', значение p пропущено: Ошибка в stats :: fisher.test (data [[variable]], as.factor (data [[by]])): FEXACT error 7 (location). LDSTP = 18570 слишком мало для этой проблемы (pastp = 37.0199, ipn_0: = ipoin [itp = 211] = 823, stp [ipn_0] = 23.0304). Увеличьте рабочее пространство или рассмотрите возможность использования 'simulate.p.value = TRUE' В 'add_p ()' произошла ошибка для переменной 'fhist_pandz' и теста 'fisher.test', значение p опущено: ошибка в stats :: fisher.test (data [[variable]], as.factor (data [[by]])): FEXACT error 7 (location). LDSTP = 18570 слишком мало для этой проблемы (pastp = 36.4614, ipn_0: = ipoin [itp = 58] = 1, stp [ipn_0] = 31.8106). Увеличьте рабочее пространство или рассмотрите возможность использования 'simulate.p.value = TRUE'

...