R / gtsummary: исключить некоторые значения p и изменить сноску

Question

Кто-нибудь знает, возможно ли исключить некоторые значения p из сводной таблицы (tbl_summary() с add_p())?

Кроме того, можем ли мы изменить сноску об используемых тестах?

library(gtsummary)

mtcars %>%
tbl_summary(by = am) %>%
add_p()

Answer 1

Это отличные вопросы по настройке, ответы на которые ДА !!

Прежде всего, вы можете использовать аргумент include = для функции add_p() с символьным вектором переменных, которые вы хотите включить (или исключите использование -) или любого помощника tidyselect (т.е. starts_with()), чтобы выбрать, какие p-значения включить в таблицу.

Далее я привел пример с использованием аргументов из пакета {gt} о том, как изменить стандартные тесты сносок. Другой пример можно увидеть в {gtsummary} галерее таблиц .

Удачи, надеюсь, это поможет!

library(gtsummary)
library(dplyr, warn.conflicts = F)
library(gt)

trial %>% 
  select(trt, stage, age, grade) %>% 
  tbl_summary(by = trt) %>% 
  add_p(
    include = c(-age) #Can use any tidyselect helpers/select syntax to specify which p-vals
  ) %>% 
  as_gt(include = -tab_footnote) %>%  # if using gt, can exclude footnotes this way 
  tab_footnote( # and can modify/add footnotes this way
    footnote = "Tests used are...",
    locations = cells_column_labels(columns = vars(p.value))
  )

Answer 2

Другой способ - напрямую настроить список:

plouf <- mtcars %>%
  tbl_summary(by = am) %>%
  add_p()
plouf$table_body[1,"p.value"] <- NA
plouf$table_header[6,"footnote"] <- "my personal statistic test"
plouf