Не могу связать в pdf используя пакет {gtsummary} в r - PullRequest
Новая
       50

Не могу связать в pdf используя пакет {gtsummary} в r

3 голосов
/ 24 февраля 2020

Я не могу связать в pdf, используя пакет gtsummary . Вот репрезентация: 

library(gtsummary)
reg <- lm(hp ~ cyl, mtcars)
tbl_regression(reg, intercept = TRUE)

Эта ошибка возникает только при использовании аргумента intercept = TRUE. Если я удаляю аргумент intercept, я могу нормально связать в pdf.

Сообщение об ошибке, которое следует после попытки связать с pdf: 

output file: reprex.knit.md

! Undefined control sequence.
<argument> ...al \expandafter \let \cmrsideswitch 
                                                  \@tempa \fi \fi 
l.129 (Intercept)
                  & -51 & -102, -0.03 & 0.050 \\ 

Error: LaTeX failed to compile reprex.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See reprex.log for more info.
Execution halted

И, наконец, мой sessionInfo(): 

R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18362)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] gtsummary_1.2.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.3       pillar_1.4.3     compiler_3.6.2   tools_3.6.2      digest_0.6.24    checkmate_2.0.0  evaluate_0.14   
 [8] lifecycle_0.1.0  tibble_2.1.3     nlme_3.1-142     gtable_0.3.0     lattice_0.20-38  pkgconfig_2.0.3  rlang_0.4.4     
[15] rstudioapi_0.11  commonmark_1.7   yaml_2.2.1       xfun_0.12        dplyr_0.8.4      stringr_1.4.0    knitr_1.28      
[22] sass_0.1.2.1     generics_0.0.2   vctrs_0.2.3      grid_3.6.2       tidyselect_1.0.0 glue_1.3.1       R6_2.4.1        
[29] rmarkdown_2.1    tidyr_1.0.2      purrr_0.3.3      ggplot2_3.2.1    magrittr_1.5     backports_1.1.5  scales_1.1.0    
[36] htmltools_0.4.0  assertthat_0.2.1 gt_0.1.0         colorspace_1.4-1 stringi_1.4.6    lazyeval_0.2.2   munsell_0.5.0   
[43] broom_0.5.4      crayon_1.3.4

1 Ответ

4 голосов
/ 24 февраля 2020

Мне удалось заново создать ошибку на моей машине. gtsummary по умолчанию использует пакет gt для печати таблиц. В настоящее время gt поддерживает вывод HTML, в будущем планируется LaTeX и RTF. Хотя вы можете указать вывод PDF и RTF для разметки R (и это часто работает и выглядит великолепно!), Функция еще не завершена.

Вы также можете использовать knitr::kable() для вывода таблиц из gtsummary в R markdown. 

library(gtsummary)
reg <- lm(hp ~ cyl, mtcars)
tbl_regression(reg, intercept = TRUE) %>%
  as_kable()

Недостатком является то, что вывод kable не поддерживает заголовки таблицы сносок, сноски и отступы.

Надеюсь, это поможет!

...