ClickOnce не может этого сделать. Если вы хотите, чтобы ваше приложение запускалось при входе пользователя в систему, вам нужно написать код в своем приложении, чтобы сделать это (скопировать ярлык в папку автозагрузки, отредактировать реестр и т. Д.)
Кроме того, помните, что если вы напишите код для обработки этого сценария, он не будет отменен, когда пользователь удалит ваше приложение.
Вот форумный вопрос и сообщение в блоге , которое должно вам помочь. И вот аналогичные вопросы SO, 401816 и 1650650 .