Я не очень понимаю, чего вы пытаетесь достичь.Вы пытаетесь создать развертывание ClickOnce и обернуть его в installshield, чтобы у пользователя был только файл setup.exe для запуска?
Или вы пытаетесь заставить ClickOnce включить и запустить установщик?
Или у вас есть что-то, что вы хотите установить с помощью InstallShield, и вы хотите, чтобы ClickOnce установил его в качестве предварительного условия?