Как заказать переменную в боксплоте с соответствующим тестом Тьюки - PullRequest
Новая
       95

Как заказать переменную в боксплоте с соответствующим тестом Тьюки

0 голосов
/ 16 февраля 2020

Я использовал код с r-graph-gallery.com, который я адаптировал к своим данным.

Я хотел бы сделать 6 коробок на одном графике и упорядочить их в определенном порядке c, но тогда, когда я делаю упорядочивание, анализ тьюки не упорядочивается одновременно с ним!

Вы знаете, как я могу улучшить его?

Это неправильный порядок, но правильное представление теста Тьюки: Graph with the wrong order

А вот тот, который имеет правильный порядок, но не правильный перераспределение теста Тьюки. Graph with wrong tukey test position

Что я должен сделать, чтобы получить правильный порядок для теста TUKEY?

Кстати, кто-нибудь знает, как получить значение "a" для наибольшего среднего значения тест Тьюки, а не "c"?

Спасибо за помощь!

Вот код, который я использовал: 

date<- (read.delim("SoilOBIoldtd.txt", header=TRUE))
# library
library(multcompView)
# What is the effect of the level on the CEC ?
model=lm( date$CEC_eff ~ date$level )

ANOVA=aov(model)
# Tukey test to study each pair of level :
TUKEY <- TukeyHSD(x=ANOVA, 'date$level', conf.level=0.95)
#This line is the difference between the two plots (using or ignoring this line)
date$level <- factor(date$level , levels=c("DAFS_Top", "DAFS_Down",
"CONV_Top","CONV_Down","Old_cocoa_Top","Old_cocoa_Down"))
# Tuckey test representation :
plot(TUKEY , las=1 , col="brown")
generate_label_df <- function(TUKEY, CEC_eff){
   # Extract labels and factor levels from Tukey post-hoc 
  Tukey.levels <- TUKEY[[CEC_eff]][,4]
  Tukey.labels <- data.frame(multcompLetters(Tukey.levels,reversed = FALSE)['Letters'])
  #I need to put the labels in the same order as in the boxplot :
  Tukey.labels$level=rownames(Tukey.labels)
  Tukey.labels=Tukey.labels[order(Tukey.labels$level) , ]
  return(Tukey.labels)}
# Apply the function on my dataset
LABELS <- generate_label_df(TUKEY , "date$level")
# A panel of colors to draw each group with the same color :
my_colors <- c(   rgb(143,199,74,maxColorValue = 255),  rgb(242,104,34,maxColorValue = 255),   rgb(111,145,202,maxColorValue = 255))
# Draw the basic boxplot
a <-boxplot(date$CEC_eff ~ date$level , ylim=c(min(date$CEC_eff ) , 1.1*max(date$CEC_eff)) , col=my_colors[as.numeric(LABELS[,1])] , ylab="CEC" , main="")
# I want to write the letter over each box. Over is how high I want to write it.
over <- 0.1*max( a$stats[nrow(a$stats),] )
#Add the labels
text( c(1:nlevels(date$level)) , a$stats[nrow(a$stats),]+over , LABELS[,1]  , col=my_colors[as.numeric(LABELS[,1])] )

1 Ответ

1 голос
/ 21 февраля 2020

Эй, я думаю, я понял вашу проблему, по сути, правильно назначив цвет / текстовую метку для коробочного графика.

Ниже я сгенерировал некоторые данные, сделал Tukey и вывел ярлыки: 

library(multcompView)

set.seed(111)
lvl = c("DAFS_Top", "DAFS_Down",
"CONV_Top","CONV_Down","Old_cocoa_Top","Old_cocoa_Down")
df = data.frame(CEC_eff=rnorm(48,rep(c(2,4,6),each=8),1),level=rep(lvl,each=8))

df$level <- factor(df$level , levels=c("DAFS_Top", "DAFS_Down",
"CONV_Top","CONV_Down","Old_cocoa_Top","Old_cocoa_Down"))

ANOVA=aov(lm(CEC_eff ~ level ,data=df))
TUKEY <- TukeyHSD(x=ANOVA, "level", conf.level=0.95)
LABELS <- multcompLetters(TUKEY$level[,4],reversed=FALSE)$Letters

Теперь вы определяете цвета и можете назначать буквы цветам. 

my_colors <- c(   rgb(143,199,74,maxColorValue = 255),  
rgb(242,104,34,maxColorValue = 255),   rgb(111,145,202,maxColorValue = 255))

names(my_colors) <- sort(unique(LABELS))

Затем мы назначаем цвет уровням, которые будут отображаться в блокпосте: 

lvl_colors <- my_colors[LABELS[levels(df$level)]]

И участок: 

a <-boxplot(CEC_eff ~ level , data=df, cex.axis=0.7,ylim=c(min(df$CEC_eff ),
1.1*max(df$CEC_eff)) , col= lvl_colors, ylab="CEC" , main="")

over <- 0.1*max( a$stats[nrow(a$stats),] )
#Add the labels
text(1:nlevels(df$level) ,a$stats[nrow(a$stats),]+over ,names(lvl_colors )  , 
col=lvl_colors  )

enter image description here

...