Сшивание изображений и данных из совместной микроскопии / спектроскопии в Panorami c в Photoshop или R - PullRequest
10 голосов
/ 13 марта 2020

У меня есть набор изображений и рентгеновских данных, полученных с помощью совместной сканирующей электронной микроскопии и энергодисперсионной спектроскопии. Вот моя проблема:

Я изобразил разрезы поверхности скалы, как это (фиолетовый прямоугольник обводит область разреза):

enter image description here

Я хотел действительно высокое разрешение, поэтому я сделал это, используя 7 изображений с увеличением 3000Х, и соединил их вместе со скриптом photomerge в Photoshop. Вот пример отдельного изображения:

enter image description here

И его положение в разрезе фотоизображения:

enter image description here

В каждом из этих 7 мест я также собрал рентгеновские данные, которые генерируют карту элементов для каждого обнаруженного элемента и записывают их в TIFF. Я хочу также соединить TIFF каждой карты элементов, чтобы я мог наложить ее на объединенное изображение разреза скалы. Вот результат, который я хочу:

enter image description here

Проблема в том, что на картах элементов недостаточно функций, чтобы их можно было соединить вместе с фотомерджем. Он в основном двоичный - если элемент обнаружен, пиксель имеет некоторый цвет (например, красный для железа или желтый для серы в моих примерах изображений) или черный, если элемент не обнаружен. Вы можете видеть, что есть большие части карт элементов, которые в основном черные.

Теперь у меня есть ~ 20 разрезов по 7 изображений каждый x ~ 10 элементов, что приводит к ~ 1400 изображениям, которые должны быть собраны вместе, отсюда необходимость автоматизации.

Моя идея состояла в том, чтобы соединить изображения горных пород с помощью фотомонтажа. Вывод photomerge представляет собой смарт-объект, где каждое изображение представляет собой слой. Затем я использовал бы скрипт, чтобы получить координаты верхнего левого угла, ширину и высоту для каждого из 7 изображений в объекте фотоизображения. Затем я поместил бы и назначил эти свойства каждой из соответствующих карт элементов для 7 изображений, чтобы сгенерировать «объединенные» карты элементов для наложения на изображение. Я пытался работать над этим сам, но я не опытен в javascript и не мог обернуться вокруг API Photoshop.

Я загрузил пример набора данных на Github здесь . 7 позиций разреза расположены слева направо: -2, -1, 0, 1, 2, 3, 4. Для каждой позиции имеются изображения камней и подкаталогов с данными об элементах.

...