MySQL работает очень хорошо даже для очень больших наборов данных. Я использую его в компании SaaS, оказывающей финансовые услуги, и она всегда работала хорошо. Я также использую SQL Server и Oracle для очень больших приложений, и MySQL работает не лучше и не хуже в целом. Однако я сосредоточен на бизнес-уровне, и вы можете получить более подробные мнения от людей, которые находятся ближе к БД.
При выборе шаблона имейте в виду, что масштабировать уровень приложения гораздо проще, чем уровень данных (легко и дешево добавить серверы приложений). Выполнение многих объединений для обычных операций может вызвать узкое место в производительности.
Я бы предложил вам создать прототип обоих подходов, чтобы вы оба могли лучше познакомиться с каждым из них и оценить их производительность в конкретной среде.
Кроме того, вы можете рассмотреть альтернативы SQL, которые пытаются создать шаблон, аналогичный тому, который вы наметили. Друг очень крупной, известной интернет-компании начинает использовать Project Voldemort . Он предпочитает это по сравнению с подобными усилиями главным образом из-за очень активного сообщества.