Snakemake: «Неожиданный блокнот с ключевыми словами в определении правила» при попытке реализовать блокноты Jupyter - PullRequest
Новая
       25

Snakemake: «Неожиданный блокнот с ключевыми словами в определении правила» при попытке реализовать блокноты Jupyter

1 голос
/ 07 апреля 2020

Я пытался использовать функциональность ноутбука Snakemake Jupyter для Snakemake, используя в качестве шаблона пример, приведенный в вики Snakemake (см .: Интеграция ноутбука Jupyter ).

Однако при попытке запустить Snakefile я получаю сообщение об ошибке: Unexpected keyword notebook in rule definition (Snakefile, line 62). Исходя из моего опыта работы со Snakemake, подобные ошибки часто бывают вызваны несовместимыми отступами, однако я так и не смог решить эту проблему.

Любая помощь очень ценится

Полный Snakefile: 

# CONFIG
configfile: "config.yaml"

# PIPELINE RULES.
#include: "rules/preperation/get_remote_genome.snakefile"
include: "rules/preperation/get_remote_annovar_dbs.snakefile"
include: "rules/preperation/bwa_index.snakefile"
include: "rules/fastqc.snakefile"
include: "rules/trimmomatic.snakefile"
include: "rules/bwa_mem.snakefile"
include: "rules/samtools_sort.snakefile"
include: "rules/marked_duplicates.snakefile"
include: "rules/bamtools_split.snakefile"
include: "rules/samtools_mpileup.snakefile"
include: "rules/varscan.snakefile"
include: "rules/concat_vcf.snakefile"
include: "rules/annovar.snakefile"

rule all:
    input:
        expand("runs/{sample}/results/results_notebook.html",
               sample=config["samples"])

rule jupyter_to_html:
    input:
        "runs/{sample}/results/results_notebook.ipynb"
    output:
        "runs/{sample}/results/results_notebook.html"
    shell:
        "jupyter nbconvert --execute --to html {input}"

rule jupyter_report:
    input:
        expand("runs/{{sample}}/results/{{sample}}_{num}_fastqc.html",
               num = ["R1", "R2"]),
        expand("runs/{{sample}}/results/{{sample}}.{genome_build}_multianno.txt",
               genome_build = config["genome_build"])
    output:
        "runs/{sample}/results/results_notebook.ipynb"
    log:
        notebook = "runs/{sample}/results/results_notebook.ipynb"
    notebook:
        config["notebook"]

1 Ответ

1 голос
/ 07 апреля 2020

Интеграция с ноутбуком доступна с Snakemake 5.10 и далее. Может быть, ваша версия Snakemake <5.10? </p>

...