Если они собираются каким-либо образом взаимодействовать (например, манипулировать одним и тем же объектом), тогда важно использовать один MultibodyPlant. Если они полностью отделены друг от друга (связаны только через неподвижный Мир), то у вас могут быть отдельные MultibodyPlants, но я не знаю, есть ли у этого преимущество.