Я выполняю анализ значимости микроматрицы (SAM) с использованием пакета samr в R.
У меня есть некоторые сомнения относительно сообщаемых "Median FDR" и "90th per c Значения FDR, как показано ниже:
samr.obj <- samr(data1,
resp.type = "Two class unpaired",
assay.type = "array",
nperms=1000,
center.arrays=TRUE,
testStatistic = "standard",
random.seed=42)
delta.table <- samr.compute.delta.table(samr.obj)
Выдержка delta.table:
print(delta.table[,1:6])
delta #med false pos #90th perc false pos #called median FDR 90th perc FDR
[22,] 0.869597977 1.0666667 2.400000 31 0.03440860 0.07741935
[23,] 0.954388709 0.8000000 2.133333 30 0.02666667 0.07111111
[24,] 1.043123196 0.2666667 1.333333 25 0.01066667 0.05333333
[25,] 1.135801439 0.0000000 0.000000 6 0.00000000 0.00000000
Мой вопрос :
Как интерпретировать строку [25, ]
, имеющую "Median FDR"= 0.000000
и "90th perc FDR"= 0.000000
? Является ли исправленное значение p "настолько маленьким", что оно на самом деле округляется? Или следует считать ошибкой?