samr анализ: как интерпретировать медиану FDR / 90-ю на c FDR = 0,000000? - PullRequest
1 голос
/ 17 марта 2020

Я выполняю анализ значимости микроматрицы (SAM) с использованием пакета samr в R.

У меня есть некоторые сомнения относительно сообщаемых "Median FDR" и "90th per c Значения FDR, как показано ниже:

samr.obj <- samr(data1,
            resp.type = "Two class unpaired",
            assay.type = "array",
            nperms=1000,
            center.arrays=TRUE,
            testStatistic = "standard",
            random.seed=42)
delta.table <- samr.compute.delta.table(samr.obj)

Выдержка delta.table:

print(delta.table[,1:6])

      delta           #med false pos  #90th perc false pos #called median FDR 90th perc FDR
[22,] 0.869597977       1.0666667            2.400000       31 0.03440860    0.07741935
[23,] 0.954388709       0.8000000            2.133333       30 0.02666667    0.07111111
[24,] 1.043123196       0.2666667            1.333333       25 0.01066667    0.05333333
[25,] 1.135801439       0.0000000            0.000000        6 0.00000000    0.00000000

Мой вопрос :

Как интерпретировать строку [25, ], имеющую "Median FDR"= 0.000000 и "90th perc FDR"= 0.000000? Является ли исправленное значение p "настолько маленьким", что оно на самом деле округляется? Или следует считать ошибкой?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...