Доступ к Python модулям, установленным с Brew - PullRequest
1 голос
/ 19 марта 2020

Я пытаюсь получить доступ к модулю "rdkit" в python, но моя установка python, похоже, не находит модуль. Я установил его, используя brew, как предложено здесь . Я включил команды, которые я использую, чтобы воспроизвести проблему.

Простое ли исправление - просто добавить "/ usr / local / Cellar" в путь python? Symlin c сайт-пакеты в подвале? Откровенно говоря, я не понимал разницу между pip и brew при обновлении моего python, поэтому я сначала подумал, что путь python неверен. Любые предложения с благодарностью.

X:~\ python3 Python 3.8.1 (v3.8.1:1b293b6006, Dec 18 2019, 14:08:53)  [Clang 6.0 (clang-600.0.57)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import rdkit Traceback (most recent call last):   
File "<stdin>", line 1, in <module> 
ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

X:~\ which python3
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3

X:~\ python3
Python 3.8.1 (v3.8.1:1b293b6006, Dec 18 2019, 14:08:53) 
[Clang 6.0 (clang-600.0.57)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> print(sys.path)
    ['', 
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python38.zip', 
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8', 
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/lib-dynload', 
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/site-packages']



**@:/usr/local/Cellar\** ls
boost/         gettext/       libffi/        numpy/         sip/
boost-python3/ glew/          libidn2/       openblas/      sqlite/
cmake/         glib/          libmpc/        openssl@1.1/   tcl-tk/
ddclient/      glm/           libpng/        pandoc/        tree/
eigen/         gmp/           libtiff/       pcre/          webp/
fontconfig/    graphviz/      libtool/       pkg-config/    wget/
freeglut/      gts/           libunistring/  pyqt/          xz/
freetype/      icu4c/         mmtf-cpp/      python/
gcc/           isl/           mpfr/          qt/
gd/            jasper/        msgpack/       **rdkit/**
gdbm/          jpeg/          netpbm/        readline/

Детали: ОС Каталина: 10.15.3

1 Ответ

0 голосов
/ 19 марта 2020

Добавление /usr/local/Cellar к вашему PYTHONPATH будет работать, но это действительно не самый чистый способ сделать это.

Сначала вы должны установить (mini) conda на вашу ма c, а затем следовать RDKit официальное руководство по установке .

...