rdkit: как нарисовать химическую структуру с высоким разрешением - PullRequest
Новая
       71

rdkit: как нарисовать химическую структуру с высоким разрешением

0 голосов
/ 07 мая 2020

Я использую jupyter lab для рисования химических структур. Но разрешение выходного изображения слишком низкое. Как я могу его улучшить? 

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smiles = 'C1=CC(=C(C=C1C2=C(C(=O)C3=C(C=C(C=C3O2)O)O)O)O)O'
m = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(m)

Большое спасибо

1 Ответ

1 голос
/ 07 мая 2020

Я нашел решение, дополнительную информацию можно найти здесь 

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG

smiles = 'C1=CC(=C(C=C1C2=C(C(=O)C3=C(C=C(C=C3O2)O)O)O)O)O' 
m = Chem.MolFromSmiles(smiles)

def moltosvg(mol, molSize = (300,300), kekulize = True):
    mc = Chem.Mol(mol.ToBinary())
    if kekulize:
        try:
            Chem.Kekulize(mc)
        except:
            mc = Chem.Mol(mol.ToBinary())
    if not mc.GetNumConformers():
        rdDepictor.Compute2DCoords(mc)
    drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(molSize[0],molSize[1])
    drawer.DrawMolecule(mc)
    drawer.FinishDrawing()
    svg = drawer.GetDrawingText()
    return svg.replace('svg:','')

SVG(moltosvg(m))
...