подсчет генов: ошибка: объединенные объекты не имеют общих уровней последовательности - PullRequest
Новая
       65

подсчет генов: ошибка: объединенные объекты не имеют общих уровней последовательности

0 голосов
/ 30 апреля 2020

Я новичок в обработке данных RNA-seq. У меня есть данные RNA-seq о человеке, и теперь я пытаюсь подсчитать гены, используя summazeoverlaps, но я получаю это предупреждение для всех моих файлов:

"In .Seqinfo.mergexy (x, y): 2 объединенных объекта не имеют общих уровней последовательности. (Используйте suppressWarnings () для подавления этого предупреждения.) "

Вот что я сделал: я выровнял свои файлы seq RNA с эталонным файлом Ensembl (Homo_sapiens.GRCh38.cdna. all.fa.gz) и сгенерированные файлы BAM. 

seqinfo(bamfiles)`

Seqinfo object with 190508 sequences from an unspecified genome:
  seqnames          seqlengths isCircular genome
  ENST00000633009.1         20       <NA>   <NA>
  ENST00000634070.1         18       <NA>   <NA>
  ENST00000632963.1         20       <NA>   <NA>
  ENST00000633030.1         19       <NA>   <NA>
  ENST00000633765.1         31       <NA>   <NA>
  ...                      ...        ...    ...
  ENST00000638565.1       1331       <NA>   <NA>
  ENST00000673346.1        895       <NA>   <NA>
  ENST00000673247.1        369       <NA>   <NA>
  ENST00000672305.1        758       <NA>   <NA>
  ENST00000671911.1        943       <NA>   <NA>

Я также скачал файл GTF из Ensembl: Homo_sapiens.GRCh38.100.gtf.gz 

seqinfo(txdb)
Seqinfo object with 47 sequences (1 circular) from an unspecified genome; no seqlengths:
  seqnames   seqlengths isCircular genome
  1                <NA>       <NA>   <NA>
  2                <NA>       <NA>   <NA>
  3                <NA>       <NA>   <NA>
  4                <NA>       <NA>   <NA>
  5                <NA>       <NA>   <NA>
  ...               ...        ...    ...
  KI270731.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270733.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270734.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270744.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270750.1       <NA>       <NA>   <NA>

Я предполагаю это как-то связано с seqnames, но я не уверен, что мне делать. Я пытался преобразовать его в стиль Ensembl: mapSeqlevels (seqlevels (bamfiles), "Ensembl") mapSeqlevels (seqlevels (txdb), "Ensembl"), но это ничего не делало ...

NB featurecounts не делает работать либо ...

Заранее спасибо! Sandra

...