Проблема в том, что вы компилируете свое приложение, и его библиотеки (статические или динамические) работают для x86, а не для Atom. Возможно, вам удастся создать какой-то толстый двоичный файл (lipo?), Чтобы части вашего приложения работали на x86 и Atom, но биты, использующие библиотеки только для x86, не будут работать на Atom. (Верно? Это краткое определение вашей проблемы?)
Если у вас есть исходный код для библиотек, которые не работают в Atom, и они важны для вас, вам следует подумать о переносе кода в Atom. Если это открытый исходный код, вы можете внести свой вклад в проект. Хотя вы не дали много подробностей, мой (очень общий) подход к этому состоял бы в том, чтобы получить код на компьютере Atom, написать очень короткое тестовое приложение для библиотеки и решить проблемы.
Re # 2: Существует небольшая разница между компиляцией приложения и связыванием с общими библиотеками или динамическими библиотеками. На вашем компьютере x86, если у вас есть этот код (эти «плагины»), скомпилированные как динамические библиотеки, это почти то же самое, что статически связывать эти двоичные файлы в приложение. Эти библиотеки будут работать на x86, независимо от того, связаны они динамически или статически.
Я не уверен, очень ли это поможет - если вы получаете бинарные плагины Qt как статические или динамические библиотеки без исходного кода, вам не повезло. Отправить отчет об ошибке. Если у вас есть исходный код, вы можете сделать гораздо больше.