Пакет эффектов, изменяющий тики по оси X - PullRequest
0 голосов
/ 02 мая 2020

Это должен быть простой вопрос, но мне кажется, что я не могу изменить отметки по оси x. Вот что я попробовал:

Вот набор данных: комбинированный.данные (масштабирован и отцентрирован):

str(combined.data)
'data.frame':   297 obs. of  74 variables:
 $ X                      : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Year                   : Factor w/ 2 levels "2017","2018": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Site                   : Factor w/ 63 levels "MCF001","MCF002",..: 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ...
 $ Species                : Factor w/ 3 levels "Mylu","Myse",..: 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ...
 $ Count                  : int  3 0 1 0 0 1 38 3 6 13 ...
 $ Survey.Night           : int  4 4 4 5 5 5 6 6 6 4 ..
 $ Wetland.2km            : num  -0.577 -0.577 -0.577 -0.562 -0.562 ...
 $ Scrub.2km              : num  -0.482 -0.482 -0.482 -0.394 -0.394 ...
 $ Disturbed.2km          : num  -0.307 -0.307 -0.307 -0.624 -0.624 ...
 $ Mat.Mixed.2km          : num  -1.01 -1.01 -1.01 -1.04 -1.04 ...
 $ Int.Streams.2km        : num  -0.292 -0.292 -0.292 -1.003 -1.003 ...

Модель:

best.global.2km <- glmer.nb(Count ~ Disturbed.2km + Mat.Mixed.2km*Species + 
                                 Wetland.2km*Species + Scrub.2km*Species + 
                                 Int.Streams.2km*Species + Year + 
                                 offset(log(Survey.Night)) + (1|Site),
                               data = combined.data)

Использование пакет эффектов для визуализации результатов:

mat.mixed <- predictorEffect("Mat.Mixed.2km", best.global.2km)

plot.2km.mat.mixed <- plot(mat.mixed, lines = (list(multiline=TRUE, 
                                                    lty = c(1,2,3), 
                                                    lwd=3, col = c("gray10", "gray30","gray75"))), 
                         confint = list(style = "bands"),
                         main = "",
                         axes = list(x = list(Mat.Mixed.2km = list(lab = expression(paste("Mature Mixedwood Forests (m"^"2",")"))),
                                              rug = FALSE, 
                                              cex = 2.5,
                                              ticks = list(at=c(-1,0,1,2))),
                                     y = list(type = "link", 
                                              lab = list("Activity"), 
                                              cex = 2.5, 
                                              lim = c(-1,6),
                                              ticks = list(at = c(0,2,4,6)))),
                         cex.lab = 2,
                         lattice=list(key.args=list(space = "none",
                                                    columns=1,
                                                    border=TRUE,
                                                    fontfamily="serif",
                                                    cex=2,
                                                    cex.title=2.5,
                                                    text = list(lab = c(expression(italic("Myotis lucifugus")), 
                                                                        expression(italic("Myotis septentrionalis")), 
                                                                        "Unidentified")))))
plot.2km.mat.mixed

Результаты в этом предупреждении и на следующем рисунке. Обратите внимание, что отметки по оси Y изменились соответственно, но не по оси X:

Warning message:
In is.na(xlab) :
  is.na() applied to non-(list or vector) of type 'expression'

Рисунок эффектов

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...