Сейчас я пытаюсь преобразовать довольно большую матрицу попарной корреляции в фрейм данных с большей эффективностью памяти. Я прикрепил свой код ниже и то, как в идеале будут выглядеть матрица и вывод.
пример матрицы:
A B C
A 1 .4 .6
B 0.4 1 .2
C .6 .2 1
в этот фрейм данных:
A B 0.4
A C 0.6
B C 0.2
I В настоящее время я использую этот код:
cor <- cor(mat, use = "pairwise.complete.obs", method = "spearman")
df <- data.frame(row=rownames(cor)[row(cor)], col=colnames(cor)[col(cor)], corr=c(cor))
Но до того, как мой объект cor составляет 7 ГБ, он использует слишком много памяти для обработки второй строки (я пробовал 160 ГБ, и он закончился). Спасибо за помощь!