Я только начал изучать Bio python и пытаюсь использовать ExPASy для получения записей SwissProt, как описано на странице 180 учебника Bio python (http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf), но также и в соответствующем упражнении ROSALIND (http://rosalind.info/problems/dbpr/ - щелкните, чтобы развернуть раздел «Ярлык программирования»).
Код, который я использую, в основном такой же, как в упражнении ROSALIND:
from Bio import ExPASy
from Bio import SwissProt
handle = ExPASy.get_sprot_raw('Q5SLP9')
record = SwissProt.read(handle)
Однако функция SwissProt.read выдает следующие сообщения об ошибках (я обрезал некоторые пути к файлам):
Traceback (most recent call last): File "code.py", line 4, in <module>
record = SwissProt.read(handle) File "lib\site-packages\Bio\SwissProt\__init__.py", line 151, in read
record = _read(handle) File "lib\site-packages\Bio\SwissProt\__init__.py", line 255, in _read
_read_ft(record, line) File "lib\site-packages\Bio\SwissProt\__init__.py", line 594, in _read_ft
assert not from_res and not to_res, line AssertionError: /note="Single-stranded DNA-binding protein"
Я обнаружил, что это сообщалось в GitHub (https://github.com/biopython/biopython/issues/2417), поэтому я не первый, кто это получает, но я действительно не нашел обновленной версии пакета или какого-либо способа исправить проблему. Может быть, это потому, что я новичок в использовании пакетов. Может кто-нибудь мне помочь?