«Желаемая структура не существует» для метода PDB retrieve_pdb_file - PullRequest
Новая
       96

«Желаемая структура не существует» для метода PDB retrieve_pdb_file

0 голосов
/ 09 июля 2020

Попытка загрузить некоторые данные о белках из PDB с помощью Bio python Bio.PDB.PDBList

Вот мин. воспроизводимый пример: 

from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")

Это возвращает: 

Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists

Желаемое поведение - загрузка файла PDB в рабочий каталог.

Возможно полезная информация:

  • Использование python 3
  • Не хотите загружать весь PDB, просто выберите файлы
  • Используя прокси, но я не думаю, что это проблема, потому что Bio python использует urllib для отправки запросов, и я попытался использовать urllib с моими настройками прокси, и он работал нормально.
  • Я пробовал использовать несколько разных кодов / идентификаторов PDB и другие типы файлов ("mmCif" , "bundle"), и он возвращает то же самое.
  • Ошибка не возникает, он просто не может найти файл в PDB, очевидно?
  • Папка, в которой должен появиться файл, получает сделано в рабочем каталоге, но папка пуста

1 Ответ

0 голосов
/ 20 июля 2020

Мы думаем, что проблема связана с нашим корпоративным VPN, потому что он работает, когда VPN выключен (хотя прокси все еще включен). Как сказал саммам, в коде нет проблем.

Не знаю, почему это происходит с нашим VPN, обновлю, если узнаю.

...