Я хотел настроить конвейер, который позволил бы мне локализовать больше наборов данных аналогичного типа. Я начинаю с DF, который имеет:
ID,
genotypeA_control_rep1_tech_1,
genotypeA_control_rep1_tech_2,
genotypeB_control_rep1_tech_1,
genotypeB_control_rep1_tech_2,
genotypeC_control_rep1_tech_1,
genotypeC_control_rep1_tech_2,
genotypeA_treatment_rep1_tech_1,
genotypeA_treatment_rep1_tech_2,
genotypeB_treatment_rep1_tech_1,
genotypeB_treatment_rep1_tech_2,
genotypeC_treatment_rep1_tech_1,
genotypeC_treatment_rep1_tech_2.
ID - скажем, 2K Genotype -3 treatment - 2 (ctrl «имитация» и обработка) реплик - 3 технических - 2
I думал, что мне нужно сначала взглянуть на технические реплики, но их всего два ... поэтому я могу взглянуть на их средние значения, и эти значения принимают для anova + tukey в группе гена, лечение (так что сравните биорепликаты, например, geneA_treatment_1 против geneA_treatment_2 против geneA_treatment_3 и то же самое для других генов и обработок) для обнаружения слоев (для каждого образца). Я выбрасываю образцы, у которых есть слои.
И затем я мог продолжить сравнение обработки с контролем с помощью ttest, и в конце я мог бы снова провести ANOVA, чтобы сравнить все генотипы с обработками.
Это было очень длинное введение, реальный вопрос: как назначать уровни? Могу ли я назначать уровни, похожие на дерево?
levels(my_data$group)
мой фрейм данных прост, я хотел бы изучить эту штуку с уровнями, потому что это кажется полезным, но я не знаю, с чего начать,
помогите пожалуйста помогите!