Вы не можете достичь цели, которую пытаетесь использовать, используя Ghostscript или, скорее всего, любой другой интерпретатор PostScript.
Язык PostScript не поддерживает некоторые функции модели PDF, в этом случае он не поддерживает текст Режимы рендеринга. PDF-файл почти наверняка использует режим визуализации текста 3 для размещения «невидимого» текста на странице. (NB, это в некоторой степени предположение, поскольку вы не предоставили файл PDF для исследования)
PostScript, выдаваемый устройством ps2write, имитирует это, не отрисовывая текст. PostScript и создайте из него файл PDF, текст не рисуется, поэтому он не включается в файл PDF. В результате Tr 3 и текст отсутствуют в новом файле PDF.
Поскольку у вас изначально был файл PDF, просто не создавайте из него программу PostScript, и вы будете получите то, что хотите, PDF-файл с невидимым текстом.