В каких условиях змеевод выполняет работу?

Question

Я хотел бы знать все необходимые критерии, необходимые для snakemake, чтобы решить, что задание должно быть выполнено, но я не смог найти их в их документации . Лучший источник, который я нашел, - это слайды автора snakemake из 2016 , в которых говорится:

A job is executed if and only if

- output file is target and does not exist
- output file needed by another executed job and does not exist
- input file newer than output file
- input file will be updated by other job
- execution is enforced

Однако, похоже, он перестал использовать этот слайд с тех пор, что заставляет меня задаться вопросом, а если выше сейчас критерии изменились.

Answer 1

На этой странице их документации есть ссылка на слайды за 2019 год: https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html. На 26 странице слайдов вы можете увидеть тот же набор правил: https://slides.com/johanneskoester/snakemake-tutorial# / 25 :

Job execution
A job is executed if and only if

- output file is target and does not exist
- output file needed by another executed job and does not exist
- input file newer than output file
- input file will be updated by other job
- execution is enforced

determined via breadth-first-search on DAG of jobs

Думаю, с 2019 года в этих правилах ничего не изменилось, особенно принимая во внимание, что ссылка на эту презентацию дана на официальной странице руководства.