Snakemake с использованием одного и того же ввода и вывода в правиле

Question

Можно ли использовать один и тот же ввод и вывод в правиле?

Например,

rule example:
    input:
        "/path/to/my/data"
    output:
        "/path/to/my/data"
    shell:
        "my_command {input}"

Я извлекаю данные из предыдущего правила и пытаюсь переместить некоторые его выходов и объединить файлы вместе.

Я ценю любую помощь!

Answer 1

Короче нет. Snakemake строит DAG (направленный граф acycli c), а затем устанавливает зависимости для каждого узла, необходимого для цели. В вашем случае вы вводите al oop.

В любом случае, из вашего описания я не вижу причин для этого цикла:

Я беру данные из предыдущего правила , и я пытаюсь переместить некоторые из его выходных данных и объединить файлы вместе.

Это можно сделать «обычным» способом.