Я столкнулся со странной проблемой при попытке запустить рабочий процесс snakemake (5.20.1) на GCP. Я следил за Google Life Sciences Tutorial , но когда я пытаюсь запустить его, я получаю
MissingInputException in line 7 of /home/user/Snakefile:
Missing input files for rule bwa_map:
sc-encode-life-sciences/data/genome.fa.ann
sc-encode-life-sciences/data/genome.fa.pac
sc-encode-life-sciences/data/genome.fa.amb
sc-encode-life-sciences/data/genome.fa.sa
sc-encode-life-sciences/data/genome.fa.bwt
sc-encode-life-sciences/data/samples/A.fastq
Snakefile правильный, потому что я могу запустить рабочий процесс локально. Я могу читать и писать из корзины, куда я правильно поместил данные. Даже если я использую опцию --verbose, ничего полезного не получаю. Это фактическая команда, которую я использовал:
snakemake --google-lifesciences --default-remote-prefix sc-encode-life-sciences/data/ --use-conda --verbose -s Snakefile
Кажется, что snakemake не проверяет (не может проверить?) Ведро Google для файлов. Я попытался запустить пример в новом ведре и новом проекте, но ничего не изменилось. Есть идеи?
Спасибо