PostScript - это язык программирования, поэтому вы должны понимать, что вы пытаетесь вмешаться в программу, не нарушая ее. Это нетривиально.
К счастью для вас, устройство ps2write в последних версиях Ghostscript производит то, что называется DS C (Соглашение о структуре документа) PostScript. Это означает, что каждая страница в выходном файле PostScript представляет собой отдельный объект. Если вы сохраняете исходный пролог вверху, вы можете переставлять страницы в оставшейся части программы.
Однако это не означает, что вы обязательно можете вставить другую программу PostScript в середину существующей программа, не вызывая проблем. Лучше всего сделать сохранение перед вставкой нового содержимого и восстановление после него. Не могу гарантировать это, потому что мне нужно было бы видеть программы в каждом случае.
Изменение цвета содержимого непонятно. Это текст, линия, изображения? Какая-то комбинация? В каком цветовом пространстве он определен? Вы снова говорите о попытке изменить программу, это нетривиально. Лучше, чтобы внешнее приложение получило это право извне. Опять же, не видя PostScript, его практически невозможно комментировать.
Использование разных лотков для страниц зависит от устройства, вам нужно выяснить, что вам нужно отправить на принтер, чтобы он использовал другой лоток. Как только вы узнаете, что можете либо вставить соответствующие команды самостоятельно, либо использовать переключатели PSDocOptions или PSPageOptions в Ghostscript, чтобы вставить необходимые команды на соответствующую страницу.