Что касается первой части, вам нужно будет выбрать определение «на поверхности», которое, вероятно, является чем-то вроде доступной для растворителя площади поверхности, а затем написать сценарий, чтобы найти все аминокислоты, которые превышают определенный порог в соответствии с это метри c. Химера выделяет выбранные аминокислоты в окне «последовательности», поэтому, если ваш сценарий выбирает все, что превышает ваш порог, они будут выделены.
Что касается второй части, все аминокислоты либо нейтральные, либо положительно заряженные, или отрицательно заряженные, где «заряженные» на самом деле означает «когда они ионизируются». В зависимости от pH и местной окружающей среды процент времени, в течение которого они действительно ионизированы (и, следовательно, заряжены), варьируется - хотя, как правило, помимо гистидина (который ионизируется около физиологического pH) и, возможно, цистеина, большая часть заряженные аминокислоты значительно ионизируются в клетке. Но все отрицательные аминокислоты имеют заряд -1, а все положительные - заряд +1, а нет -2 или +2 или выше. Итак, когда вы наносите «градации», как вы говорите, вы наносите на график электри c потенциал в заданной точке на поверхности белка, возникающий в результате суммарного эффекта всех заряженных аминокислот поблизости, взвешенных на их расстояние в соответствии с модифицированной формой закона Кулона, которая учитывает экранирующий эффект воды (который очень существенен).
Числовые значения, отображающие электрическую c потенциальную величину в цвета, являются произвольными и вопрос ясности и эстетичности c вкуса - вы хотите установить их так, чтобы значения по поверхности отображались в максимально возможной части вашего цветового диапазона, без слишком большого количества крайних значений, «обрезанных» на обоих концах, поэтому что охватывается полная степень вариации. Найти это можно только методом проб и ошибок.