недопустимый объект класса «corMatrix»: слот 'sd' имеет не конечные элементы: lmer () R - PullRequest
1 голос
/ 17 июня 2020

Я получаю следующую ошибку при запуске смешанной линейной модели.

Error in validObject(.Object) : 
  invalid class “corMatrix” object: 'sd' slot has non-finite entries
In addition: Warning message:
In vcov.merMod(object, use.hessian = use.hessian) :
  Computed variance-covariance matrix problem: not a positive definite matrix;
returning NA matrix

Я создал al oop, который проходит через столбцы моего фрейма данных и запускает LMM для каждого столбца. Я выполнил тот же процесс на двух других фреймах данных, и у меня не было ошибок. Другие фреймы данных имеют аналогичные свойства (т.е. содержат нули и т. Д. c.). Я также попытался исключить строки, содержащие нулевые значения, и это не устранило ошибку.

Может ли кто-нибудь объяснить, что означает эта ошибка?

My l oop: Я использую LMM с вероятностью тест соотношения

uni_HPOS_total1_A = data.frame(metab = character(), beta = double(), pvalue = double(), stringsAsFactors = FALSE)

for (i in 1:length(colnames(HPOS_XCMS_metab_0_new))){
  model0 = lmer(HPOS_XCMS_metab_0_new[, i] ~ (1|technical covariate)  ,
                REML = FALSE, data = HPOS_XCMS_metab_0_covars)
  model1 = lmer(HPOS_XCMS_metab_0_new[, i] ~   (1|technical covariate)   + outcome,
                REML = FALSE, data = HPOS_XCMS_metab_0_covars)
  beta = summary(model1)$coefficients["outcome",1]
  res <- anova(model0, model1)
  pval = res$`Pr(>Chisq)`[2]
  uni_HPOS_total1_A[nrow(uni_HPOS_total1_A) + 1,] = list(colnames(HPOS_XCMS_metab_0)[i], beta, pval)
}

Спасибо

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...