Это зависит от технологии вашей FPGA.
Доступны 3 технологии:
Антифуз: можно запрограммировать только один раз, поэтому я думаю, вы не говорите о них.
Fla sh: Как и Every fla sh, количество или перепрограммирование ограничено, но пока он не перестанет работать (он же не может записать fla sh), снижения скорости нет
SRAM: Его можно "бесконечно" перепрограммировать. Теперь, как и каждый электронный c компонент, он со временем распадется и перегреется, но это не имеет отношения к перепрограммированию
ref: https://www.eetimes.com/all-about-fpgas/#