Если вы предоставляете метку для окончательного вывода графа фильтра, то она должна быть отображена. Итак, либо сделайте это -map '[tmp2]'
, либо опустите метку.
ffmpeg -i 1596618603934.webm -i 1596618618345.webm -filter_complex "nullsrc=size=1280x960[base];
[0:v]setpts=PTS-STARTPTS,scale=640*480[left];
[1:v]setpts=PTS-STARTPTS,scale=640*480[right];
[base][left]overlay=shortest=1[tmp1];
[tmp1][right] overlay=x=640" -c:v output.webm