Я использовал неправильный порядок настройки конвейера рендеринга:
bind framebuffer
set viewport & clear buffers
depth stage settings
blending settings
other rasterizer settings
Переместил set viewport & clear buffers
в конец. Теперь все выглядит одинаково независимо от порядка освещения (прохода рендеринга).