Я использую Kohana, но я не знаком с его ORM. Проблема в том, что вы спрашиваете, я не понимаю, как это возможно на уровне PHP. Эти 2 утверждения идентичны независимо от того, как они реализованы в Kohana. Как именно вы проверяете возвращаемое значение второй функции?
Обратите внимание, что во втором примере вы не присваиваете $category
возвращаемому значению join_table
, как в первом. Может ли это быть вашей проблемой?