В конструкторе вашего элемента управления установите свойство DoubleBuffered и / или ControlStyle соответствующим образом.
Например, у меня есть простая DoubleBufferedPanel, конструктор которой следующий:
this.DoubleBuffered = true;
this.SetStyle(ControlStyles.UserPaint |
ControlStyles.AllPaintingInWmPaint |
ControlStyles.ResizeRedraw |
ControlStyles.ContainerControl |
ControlStyles.OptimizedDoubleBuffer |
ControlStyles.SupportsTransparentBackColor
, true);