Предварительная настройка для биномиальной модели MCMCglmm - PullRequest
Новая
       139

Предварительная настройка для биномиальной модели MCMCglmm

0 голосов
/ 08 мая 2020

Я хочу приспособить MCMCglmm с биномиальным распределением, но у меня проблемы с приором.

Вопрос, который я задаю, заключается в том, различается ли доля видов, go вымерших в одном роду, между двумя группами, и то, как я бы сделал это без компонента phylogeneti c: 

binomial.glm <- glm(formula = cbind(No_Extinct, No_Survive) ~ Group,
                    data = data_glm,
                    family = binomial(link=logit))

Другими словами, у меня есть количество «успехов» (вымираний), количество «неудач» (выживших), и я спрашиваю, различаются ли эти пропорции в двух группах.

Мои данные выглядят примерно так: 

Genus       Extinctions          Survived           Group
A           2                    4                   A
B           2                    6                   A
C           4                    2                   B

Я предполагаю, что моя модель будет выглядеть примерно так: 

mod <- MCMCglmm(
 fixed = (No_Extinct, No_Survive) ~ Group,
 random = ??? I'm unclear about this, 
 rcov = ??? I'm unclear about this, 
 family = c("multinomial2", "multinomial2""), nitt = 60000, burnin = 10000,
 thin = 25, data = data_glm, pedigree = tree)

Буду очень благодарен за любую помощь по настройке приоры для MCMCglmm.

...