Я пытаюсь изучить корреляции видов с помощью моделирования скрытых переменных, описанного Hui 2015 . Используя пакет борал в R, я последовал за кодом Хуэя и применил его к своим данным присутствия-отсутствия с тремя ковариатами среды. Я использовал «бином» для семьи вместо «негативный. Бином». Однако когда я проверил остаточную трассу, чтобы вычислить объясненную дисперсию по ковариатам. Нулевой остаточный след намного ниже, чем альтернативный след с ковариатами, что приводит к отрицательной дисперсии. Что это означает? Мои данные плохие? Как с этим справиться? Я рассматривал только виды с уникальными записями о встречах более трех. Вот что я сделал:
Модель со скрытыми переменными только для получения нулевой остаточной трассы
fit.null <- boral(y = y, family = "binomial", lv.control = list(num.lv = 2), save.model = TRUE)
rescors.null <- get.residual.cor(fit.null)
Модель с ковариатами
fit.cov <- boral(y = y, x = X, family = "binomial", lv.control = list(num.lv = 2), save.model = TRUE)
rescors.cov <- get.residual.cor(fit.cov)
Получение дисперсии
(rescors.null$trace-rescors.cov$trace)/rescors.null$trace