Инструмент регистрации флирта для МРТ головного мозга дает невероятные результаты

Question

У меня есть МРТ мозга , который содержит срезы из этого изгиба :

Я играл с инструмент регистрации для МРТ головного мозга называется Flirt . Код доступен также для Python

Я пытался использовать в качестве эталонной МРТ МРТ головного мозга, полученную у другого пациента и с другим углом наклона. Вот срез, взятый из этого МРТ (все файлы в формате nifti):

И вот, маг c случился. Передавая первую МРТ в качестве входных данных для инструмента регистрации и эту последнюю МРТ в качестве эталонной МРТ

, результатом будет то, что выходной сигнал инструмента регистрации (Флирт) будет МРТ, где срезы имеют следующий угол наклона:

Итак, похоже, что инструмент регистрации извлек изогнутый угол эталонного МРТ из входного МРТ. Это невероятно. Как такое возможно?

Answer 1

Какую обертку вы используете для конвертации образа dicom? Оболочка dcm2niix автоматически применит преобразование для правильной ориентации. Флирт - мощный инструмент, который отлично подходит для регистрации. Многие конвейеры предварительной обработки, такие как fmriprep, уже используют его. Мне интересно, как он смог учесть наклон изображения. Глядя на страницу использования здесь https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FLIRT/UserGuide, он ничего не видит в этом с учетом угла. Интересно, просто накладывается активация на каждый воксель в шаблоне MNI. Было бы неплохо сначала сориентировать изображение nifti, а затем прогнать его снова. Вы можете создать маску для неориентированного и ориентированного изображения, пропустить ее и использовать программу парцелляции для проверки количества вокселов в определенной c области интереса, чтобы увидеть, одинаковы ли они для обеих масок.

I Мне интересно увидеть, что вы найдете!