Будет проблема, если в исходном XML-файле есть какие-либо символы Юникода, кроме Latin1. Но я подозреваю, что xmllint обнаружит это и откажется делать перевод.
Единственный случай, когда я могу подумать о том, где вы можете получить интересные преобразования, - это если файл содержит акцентированные символы - у юникода есть несколько способов их представления, которые могут быть сопоставлены с одним представлением в Latin1.